Seis meses más tarde, tras las victorias obtenidas en Tucumán y Salta, Belgrano volvió a San Salvador. Dos años después, en 1814, la historia dio vuelta de tuerca: los realistas recuperaron la ciudad. Pezuela en persona, el jefe realista que había vencido a Belgrano en Ayohuma, entró en la ciudad dispuesto a enfrentarse con San Martín, el sucesor del creador de la Bandera en el mando del Ejército del Norte. Las guerrillas gauchas de Güemes desbarataron sus planes. Jujuy soportó en total 11 invasiones realistas; después de 124 combates, la frontera norte quedó en manos patriotas.
El 6 de mayo de 1815, cuando Güemes fue nombrado gobernador de Salta, San Salvador de Jujuy aplaudió la medida, pero también manifestó su queja por no haber sido consultada. Güemes visitó la ciudad jujeña y tranquilizó a la población. De todos modos, los entredichos entre salteños continuaron. El 18 de noviembre de 1834, el teniente coronel José María Fascio, jefe del municipio de Jujuy, llamó a Cabildo Abierto. Por aclamación, los cabildantes aprobaron la autonomía y designaron a Fascio gobernador de la naciente provincia de Jujuy. La legislatura salteña reconoció al nuevo Estado, pero el gobernador De la Torre se opuso. No tardó en producirse el enfrentamiento armado: el 13 de diciembre de 1834, las fuerzas de Fascio derrotaron a las de De la Torre. La victoria consolidó la defenitiva independencia provincial.
