La línea del Trópico de Capricornio divide a la provincia casi por la mitad, pero no por ello se puede definir el clima jujeño como tropical. La altitud media de muchas regiones y la accidentada topografía del territorio determinan varias zonas climáticas bien diferenciadas. También las condiciones metereológicas contribuyen a caracterizar a jujuy como una tierra de contraste. Del frío casi glacial del antiplano se pasa al clima templado de la quebrada de Humahuaca o al cálido tropical de los valles aledaños al frío san Francisco. en pleno verano, en un mismo día, el termómetro puede registrar 45° C en Ledesma y 25° C en Humahuaca, mientras que el atardecer depara menos de 0° C en la región del Altiplano y en las montañas más elevadas.
En la Puna, la altitud determina un clima frío y seco durante casi todo el año, mientras que mucho más benigno es el clima en la quebrada de Humahuaca y en los valles aledaños. Toda la exuberancia del clima tropical se manifiesta en el valle de San Francisco y en las regiones vecinas.
Allí las precipitaciones pluviales alcanzan fácilmente los 900 mm anuales.
